動物関係標本　　　162,563点

脊椎動物骨格標本（3,726）、動物標本（1,900）、無脊椎動物液浸標本（2,000）、 海産動物標本（6,101）、医学液浸標本（200）、動物切片標本（100,000）、法医乾燥標本（4,800）、霊長類頭蓋標本（220）、人歯列模型標本（3,028）、 小動物切片標本（27,284）、カキ類標本（52）、昆虫標本（3,000）、家畜骨格・臓器標本（1,069）、家畜骨格・剥製標本（23）、動物寄生虫標本（8,800）、 魚類・底生生物液浸標本（100）、生物液浸標本（50）、 海洋プランクトン液浸標本（210）

植物関係標本　　　501,350点

植物さく葉標本（277,000）、植物標本（21,313）、ヤナギ科植物標本（66,000）、 ヤナギ科以外の植物標本（5,000）、その他の植物標本（130,500）、 生薬標本・キノコ標本（1,037）、植物薄片標本（500）

古生物関係標本　　　1,130,213点

動植物化石自然史標本館展示標本（557）、植物化石標本（13,500）、微化石標本（824,973）、刺胞動物化石標本（29,520）、貝類化石標本（196,733）、 その他の無脊椎動物化石標本（16,466）、軟体動物化石標本（7,700）、 節足動物化石標本（2,500）、花粉化石標本（304）、その他の化石標本（16,360）、化石薄片標本（21,600）

岩石・鉱物・鉱床関係標本　　　273,891点

岩石標本（39,643）、鉱物標本（21,432）、鉱石標本（20,127）、岩石コア標本（157,824）、岩石・鉱物標本（33,965）、火山灰土標本（500）、土壌標本（400）

歴史・民族・人類関係標本　　　356,519点

旧石器時代考古学重要資料（2,193）、縄文時代考古学重要資料（2,183）、弥生時代考古学重要資料（608）、古墳時代・古代考古学重要資料（806）、中世・近世考古学重要資料（140）、北方系文化重要資料（295）、朝鮮半島考古学重要資料（70）、欧米考古学重要資料（60）、民族・民俗重要資料（310）、考古学基準資料（30,364）、その他民俗資料（8,482） 、考古学資料（旧石器、縄文、弥生）（78,000）、考古学資料（縄文、古代）（4,800）、考古学資料（旧石器、弥生、近世）（46,000）、チベット造形資料（1,231）、その他の資料（255）、日本史古文書（1,000）、古人類・考古学標本（6,008）、地図類（130,014）、人類標本（500）

科学技術史関係資料標本　　　2,233点

科学技術史資料（2,110）、建築模型（123）

金属学・金属工学関係資料（旧金属博物館所蔵資料）　　　5,000点

金属学・金属工学資料（5,000）